Garlstorf liegt am Ostrand des Naturschutzgebietes Lüneburger Heide zwischen den Tälern der Luhe und der Aue im Landschaftsschutzgebiet Garlstorfer Wald. Die Gemeinde gehört der Samtgemeinde Salzhausen an, die ihren Verwaltungssitz in der Gemeinde Salzhausen hat.
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